Mesquite官方版是一款簡單易用的進化生物學軟件，Mesquite官方版界面簡潔大方，功能強勁實用，操作簡單。其軟件功能包括系統(tǒng)發(fā)育分析、數(shù)據(jù)比較、多變量分析等，采用模塊化的架構(gòu)，且具有可視化的變技術(shù)，可完成復雜的生物學數(shù)據(jù)分析。

Mesquite軟件特色

　　1、數(shù)據(jù)管理和處理

　　Mesquite具有許多用于管理數(shù)據(jù)的功能。 它有一個編輯形態(tài)數(shù)據(jù)的編輯器：

　　DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)：

　　有手動和自動序列比對的工具，以及許多其他工具來操作序列。 還有許多可視化選項; 例如，這里有一些蛋白質(zhì)編碼的DNA序列，細胞的顏色代表核苷酸編碼的氨基酸：

　　許多種類的元數(shù)據(jù)可以附加到矩陣中的分類，字符或單元格，包括注釋，圖像，替代名稱，預選集合和彩色標簽。 所有這些都有助于排序和操作數(shù)據(jù)：

　　2、樹狀圖和分析

　　Mesquite具有許多用于可視化和編輯樹的功能。它不是主要用于推斷系統(tǒng)發(fā)育樹，而是用于已經(jīng)推斷的樹的不同分析。

　　Mesquite有一個樹查看器和編輯器，您可以從中打印出版質(zhì)量的樹：

　　使用系統(tǒng)發(fā)育樹的分析可以在樹窗口中完成，例如重建祖先狀態(tài)：

　　測試角色演變過程的分析包括Pagel 1994年的相關(guān)性測試和成對比較：

　　像BiSSE這樣的物種多樣化測試可用：

　　使用Mesquite的圖表功能，可以在一組多棵樹上計算統(tǒng)計數(shù)據(jù)，從而可以確定系統(tǒng)發(fā)育不確定性對結(jié)論的影響：

　　聚結(jié)模擬允許測試群體遺傳學和系統(tǒng)地理學假設(shè)：

　　可以進行多變量分析，包括PCA和CVA，以及嵌入在morphospace中的系統(tǒng)發(fā)育樹：

　　各種其他統(tǒng)計數(shù)據(jù)并在樹上可視化，例如GC / AT組成偏差：

　　3、擴展

　　Mesquite的模塊化意味著可以通過添加單獨分布式軟件包中提供的模塊來擴展它。 例如，有一個名為Chromaseq的軟件包，它提供了處理色譜圖和進行堿基調(diào)用的工具：

　　Zephyr允許Mesquite與外部系統(tǒng)發(fā)育推理程序(如RAxML或GARLI)進行交互; Zephyr將數(shù)據(jù)發(fā)送到這些程序，然后收集結(jié)果。 對于GARLI，可以在搜索過程中可視化樹：

　　還有另一個名為TreeSetViz的包，它允許您在樹的相似性的多維空間中可視化樹之間的關(guān)系：

　　制圖師為分類群的繪圖提供工具：

　　包括生成允許您在Google地球中查看樹的KML文件：