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          MongoDB使用小結:一些不常見的經驗分享

          時間:2024-02-08 11:17作者:下載吧人氣:35

          本文完成時MongoDB的最新版本為MongoDB 2.6

          1、count統計結果錯誤

          這是由于分布式集群正在遷移數據,它導致count結果值錯誤,需要使用aggregate pipeline來得到正確統計結果,例如:

          db.collection.aggregate([{$group: {_id: null, count: {$sum: 1}}}])

          引用:“On a sharded cluster, count can result in an inaccurate count if orphaned documents exist or if a chunk migration is in progress.”

          參考:http://docs.mongodb.org/manual/reference/command/count/ 

          2、從shell中更新/寫入到文檔的數字,會變為float類型

          引用:“shell中的數字都被MongoDB當作是雙精度數。這意味著如果你從數據庫中獲得的是一個32位整數,修改文檔后,將文檔存回數據庫的時候,這個整數也就被換成了浮點數,即便保持這個整數原封不動也會這樣的。”

          參考:《MongoDB權威指南》第一版

          3、restore數據到新DB時,不要去先建索引

          把bson數據文件restore到另一個DB時,需要注意:不能先創建索引再restore數據,否則性能極差,mongorestore工具默認會在restore完數據時,根據dump出來的index信息創建索引,無須自己創建,如果是要更換索引,也應該在數據入庫完之后再創建。

          4、DB中的namespace數量太多導致無法創建新的collection

          錯誤提示:error: hashtable namespace index max chain reached:1335,如何解決呢?
          這是DB中的collection個數太多導致,在實踐中以每個collection 8KB計算(跟官方文檔里說的不同,可能跟index有關系),256MB可以支持36000個collection。db.system.namespaces.count() 命令可以統計當前DB內的collection數目,DB可支持collection數量是由于nssize參數指定的,它指定了dbname.ns磁盤文件的大小,也就指定了DB可支持的最大collection數目,ns為namespace縮寫。默認nssize為16MB。
          如果重啟MongoD并修改了nssize參數,這新nssize只會對新加入的DB生效,對以前已經存在的DB不生效,如果你想對已經存在的DB采用新的nssize,必須在加大nssize重啟之后新建DB,然后把舊DB的collection 復制到新DB中。
          namespace限制相關文檔:http://docs.mongodb.org/manual/reference/limits/

          5、moveChunk因舊數據未刪除而失敗

          錯誤日志:”moveChunk failed to engage TO-shard in the data transfer: can’t accept new chunks because there are still 1 deletes from previous migration“。
          意思是說,當前正要去接受新chunk 的shard正在刪除上一次數據遷移出的數據,不能接受新Chunk,于是本次遷移失敗。這種log里顯示的是warning,但有時候會發現shard的刪除持續了十幾天都沒完成,查看日志,可以發現同一個chunk的刪除在不斷重復執行,重啟所有無法接受新chunk的shard可以解決這個問題。
          參考:
          http://stackoverflow.com/questions/26640861/movechunk-failed-to-engage-to-shard-in-the-data-transfer-cant-accept-new-chunk
          如果采用了balancer自動均衡,那么可以加上_waitForDelete參數,如:
          { “_id” : “balancer”, “activeWindow” : { “start” : “12:00”, “stop” : “19:30” }, “stopped” : false, “_waitForDelete” : true }
          ,這樣就不會因delete堆積而導致后續migrate失敗,當然,需要考慮到這里的阻塞是否會影響到程序正常運轉,在實踐中慎重采用使用waitForDelete,因為發現加上它之后遷移性能非常差,可能出現卡住十幾個小時的情況,外界拿住了被遷移chunk的游標句柄,這時候刪除不能執行,阻塞了后續其它遷移操作。
          游標被打開而導致被遷移數據無法及時刪除時的日志:
          2015-03-07T10:21:20.118+0800 [RangeDeleter] rangeDeleter waiting for open cursors in: cswuyg_test.cswuyg_test, min: { _id: -6665031702664277348 }, max: { _id: -6651575076051867067 }, elapsedSecs: 6131244, cursors: [ 220477635588 ]
          這可能會卡住幾十小時,甚至一直卡住,影響后續的moveChunk操作,導致數據不均衡。
          解決方法還是:重啟。

          6、bson size不能超過16MB的限制

          單個文檔的BSON size不能超過16MB。find查詢有時會遇到16MB的限制,譬如使用$in 查詢的時候,in中的數組元素不能太多。對一些特殊的數據源做MapReduce,MapReduce中間會將數據組合為“KEY:[VALUE1、VALUE2]”這樣的格式,當value特別多的時候,也可能會遇上16MB的限制。 限制無處不在,需要注意,”The issue is that the 16MB document limit applies to everything – documents you store, documents MapReduce tries to generate, documents aggregation tries to return, etc.

          7、批量插入

          批量插入可以減少數據往服務器的提交次數,提高性能,一般批量提交的BSON size不超過48MB,如果超過了,驅動程序自動修改為往mongos的多次提交。

          8、安全寫入介紹及其沿革

          關鍵字:acknowledge、write concern。

          在2012年11月之前,MongoDB驅動、shell客戶端默認是不安全寫入,也就是fire-and-forget,動作發出之后,不關心是否真的寫入成功,如果這時候出現了_id重復、非UTF8字符等異常,客戶端不會知道。在2012年11月之后,默認為安全寫入,安全級別相當于參數w=1,客戶端可以知道寫入操作是否成功。如果代碼使用Mongo或者Collection來連接數據庫,則說明它是默認不安全寫入的legacy代碼,安全寫入已經把連接數據庫修改為MongoClient接口。
          安全寫入可以分為三個級別,
          第一級是默認的安全寫入,確認數據寫入到內存中就返回(w=N屬于這一級);
          第二級是Journal save,數據在寫入到DB磁盤文件之前,MongoDB會先把操作寫入到Journal文件,這一級指的是確認寫入了Journal文件就返回;
          第三級是fysnc,所有數據刷寫到到DB磁盤文件才返回。
          一般第一級就足夠了,第二級是為了保證在機器異常斷電的情況下也不會丟失數據。安全寫入要付出性能的代碼:不安全寫入的性能大概是默認安全寫入的3倍。使用fync參數則性能更差,一般不使用。
          如果是副本集(replica set),其w=N參數,N表示安全寫入到多少個副本集才返回。
          參考:
          http://docs.mongodb.org/manual/release-notes/drivers-write-concern/
          http://docs.mongodb.org/manual/core/write-concern/
          http://blog.mongodirector.com/understanding-durability-write-safety-in-mongodb/
          http://whyjava.wordpress.com/2011/12/08/how-mongodb-different-write-concern-values-affect-performance-on-a-single-node/

          9、善用索引——可能跟你以為的不一樣

          使用組合索引的時候,如果有兩組索引,在限量查詢的情況下,可能跟常規的認識不同:
          利用組合索引做的查詢,在不同數量級下會有不同性能:
          組合索引A: {“age”: 1, “username”: 1}
          組合索引B: {“username”: 1, “age”: 1}
          全量查詢: db.user.find({“age”: {“$gte”: 21, “$lte”: 30}}).sort({“username” :1}),使用索引A的性能優于索引B。
          限量查詢: db.user.find({“age”: {“$gte”: 21, “$lte”: 30}}).sort({“username”: 1}).limit(1000),使用索引B的性能優于索引A。
          這兩個查詢在使用索引A的時候,是先根據age索引找到符合age的數據,然后再對這些結果做排序。使用索引B的時候,是遍歷name,對應的數據判斷age,然后得到的結果是name有序的。
          優先使用sort key索引,在大多數應用上執行得很好。
          參考:《MongoDB——The Definitive Guide 2nd Edition》page89

          10、查詢時索引位置的無順序性

          做find的時候,并不要求索引一定要在前面,
          譬如:
          db.test集合中對R有索引
          db.test.find({R:”AA”, “H”: “BB”}).limit(100).explain()
          db.test.find({“H”:”BB”, “R” : “AA”}).limit(100).explain()
          這兩個查找性能一樣,它都會使用R索引。

          11、使用組合索引做shard key可以大幅度提高集群性能

          “固定值+增量值” 兩字段做組合索引可以有效的實現分布式集群中的分散多熱點寫入、讀取。以下為讀書筆記:
          在單個MongoDB實例上,最高效的寫入是順序寫入,而MongoDB集群則要求寫入能隨機,以便平均分散到多個MongoDB實例。所以最高效的寫入是有多個局部熱點:在多個MongoDB實例之間是分散寫入,在實例內部是順序寫入。 要實現這一點,我們采用組合索引。
          例如:shardkey的第一部分是很粗糙的,可選集很少的字段,索引的第二部分是遞增字段,當數據增加到一定程度時,會出現很多第一部分相同第二部分不同的chunk,數據只會在最后一個chunk里寫入數據,當第一部分不同的chunk分散在多個shard上,就實現了多熱點的寫入。如果在一個shard上,不止一個chunk可以寫入數據,那也就是說不止一個熱點,當熱點非常多的時候,也就等同于無熱點的隨機寫入。當一個chunk分裂之后,只能有一個成為熱點,另一個不能再被寫入,否則就會產生兩個熱點,不再寫入的chunk也就是死掉了,后續只會對它有讀操作。

          最典型的應用是具有日期屬性的日志處理,shard key選擇“日期+用戶ID”組合,保證了數據寫入時的局部熱點(一個shard上只有少數幾個chunk被寫入,避免隨機IO)和全局分散(所有的shard上都有寫入數據,充分利用磁盤IO)。
          我在實踐中除了書中講到的組合鍵方式外,還加上了預分片策略,避免了早期數據增長過程中的分片和數據遷移。另外還盡可能的制造能利用局部性原理的數據寫入,例如在數據寫入之前先對數據排序,有大約30%左右的update性能提升。

          預分片是這樣子做的:根據組合shardkey信息先分裂好chunk,把這些空chunk移動到各個shard上,避免了后續自動分裂引起的數據遷移。

          good case:

          環境:一臺機器、7分片、MongoDB2.6版本、shard key選擇“日期+用戶ID組合”,

          數據:寫入使用批量插入,對10億條日志級分片集群的寫入,寫入1000W條日志只需要35分鐘,每條日志約0.11K。

          bad case:

          環境:3臺機器、18分片、MongoDB2.6版本、shard key選擇 _id的hashid

          數據:寫入采用批量插入,對3億條日志級分片集群的寫入,寫入300W條日志耗時35分鐘,每條日志約0.11K。

          從對比可以看到,在數據量比較大的情況下選擇組合索引做shard key性能明顯優于選擇hashid。

          我在實際應用中還遇到選擇hashid的更極端情況:對3條機器&18分片&3億條日志集群每天寫入300W條日志,耗時170分鐘,每條日志約4K。每次寫入數據時,所有分片磁盤IO使用率都達到100%。

          附創建組合索引和使用組合索引做shard key 的 mongo shell代碼:

          xx> db.cswuyg.ensureIndex({‘code’:1, ‘insert_time’:1})

          xx> use admin

          admin> db.runCommand({“enablesharding”:”xx”})

          admin> db.runCommand({“shardcollection”:”xx.cswuyg”,”key”:{‘code’:1, ‘insert_time’:1}})

           

          參考:《MongoDB——The Definitive Guide 2nd Edition》 page268

          12、怎么建索引更能提高查詢性能?

          在查詢時,索引是否高效,要注意它的cardinality(cardinality越高表示該鍵可選擇的值越多),在組合索引中,讓cardinality高的放在前面。注意這里跟分布式環境選擇shard key的不同。以下為讀書筆記:
          index cardinality(索引散列程度),表示的是一個索引所對應到的值的多少,散列程度越低,則一個索引對應的值越多,索引效果越差:在使用索引時,高散列程度的索引可以更多的排除不符合條件的文檔,讓后續的比較在一個更小的集合中執行,這更高效。所以一般選擇高散列程度的鍵做索引,或者在組合索引中,把高散列程度的鍵放在前面。
          參考:《MongoDB——The Definitive Guide 2nd Edition》 page98

          13、非原地update,性能會很差

          update文檔時,如果新文檔的空間占用大于舊文檔加上它周圍padding的空間,那么就會放棄原來的位置,把數據拷貝到新空間。
          參考:《MongoDB——The Definitive Guide 2nd Edition》 page43

          14、無法在索引建立之后再去增加索引的過期時間

          如果索引建立指定了過期時間,后續要update過期時間可以這樣子:db.runCommand({“collMod”:”a”, index:{keyPattern:{“_”:-1}, expireAfterSeconds: 60}})。

          注意,通過collMod能修改過期時間的前提是:這個索引有過期時間,如果這個索引之前沒有設置過期時間,那么無法update,只能刪了索引,重建索引并指定過期時間。
          參考:http://docs.mongodb.org/manual/tutorial/expire-data/

          15、_id索引無法刪除

          參考:《MongoDB——The Definitive Guide 2nd Edition》 page114

          16、paddingFactor是什么?

          它是存儲空間冗余系數,1.0表示沒有冗余,1.5表示50%的冗余空間,有了冗余空間,可以讓后續引發size增加的操作更快(不會導致重新分配磁盤空間和文檔遷移),一般是在1到4之間。可以通過db.collection.stats()看到collection的該值“paddingFactor”。
          該值是MongoDB自己處理的,使用者無法設置paddingFactor。我們可以在compact的時候對已經有的文檔指定該值,但這個paddingFactor值不影響后續新插入的文檔。
          repairDatabase跟compact類似,也能移除冗余減少存儲空間,但冗余空間少了會導致后續增加文檔size的update操作變慢。
          雖然我們無法設置paddingFactor,但是可以使用usePowerOf2Sizes保證分配的空間是2的倍數,這樣也可以起到作用(MongoDB2.6版本起默認啟用usePowerOf2Size)。
          或者手動實現padding:在插入文檔的時候先用默認字符占用一塊空間,等到真實數據寫入時,再unset掉它。

          參考:
          http://docs.mongodb.org/v2.4/core/record-padding/
          http://docs.mongodb.org/v2.4/faq/developers/

          17、usePowerOf2Size是什么

          這是為更有效的復用磁盤空間而設置的參數:分配的磁盤空間是2的倍數,如果超過了4MB,則是距離計算值最近的且大于它的完整MB數。
          可以通過db.collections.stats()看到該值“userFlags”。
          MongoDB2.6之后默認開啟usePowerOf2Size參數
          使用后的效果可以看這里的PPT:http://www.slideshare.net/mongodb/use-powerof2sizes-27300759

          18、aggregate pipeline 指定運算完成輸出文檔跟MapReduce相比有不足

          (基于MongoDB2.6版本)MapReduce可以指定輸出到特定的db.collection中,例如:out_put = bson.SON([(“replace”, “collection_name” ), (“db”, “xx_db”)])
          aggregate pipeline只能指定collection名字,也就意味著數據只能寫入到本db,同時結果不能寫入到capped collection、shard collection中。
          相比之下,aggregate pipeline限制是比較多的,如果我們需要把結果放到某個DB下,則需要再做一次遷移:
          db.runCommand({renameCollection:”sourcedb.mycol”,to:”targetdb.mycol”})
          但是!!上面的這條命令要求在admin下執行,且只能遷移往同shard下的DB,且被遷移的collection不能是shard的。
          附錯誤碼信息:
          https://github.com/mongodb/mongo/blob/master/src/mongo/s/commands_public.cpp#L778
          uassert(13140, “Don’t recognize source or target DB”, confFrom && confTo);
          uassert(13138, “You can’t rename a sharded collection”, !confFrom->isSharded(fullnsFrom));
          uassert(13139, “You can’t rename to a sharded collection”, !confTo->isSharded(fullnsTo));
          uassert(13137, “Source and destination collections must be on same shard”, shardFrom == shardTo);
          參考:http://docs.mongodb.org/manual/reference/method/db.collection.mapReduce/#mapreduce-out-mtd

          19、殺掉MongoD進程的幾種方式

          1)進入到MongoD的命令行模式執行shutdown,
          eg: 
          $ mongo –port 10001
          > use admin
          > db.shutdownServer()
          2)1方式的簡化:
          eg:mongo admin –port 10001 –eval “db.shutdownServer()”
          3)使用MongoD命令行關閉,需要指定db路徑:
          mongod –dbpath ./data/db –shutdown

          20、集群的shard key慎重采用hash

          如果你的日志是有日期屬性的,那么shard key不要使用hash,否則刪除過期日志時無法成塊刪除;在更新日志的時候,也不能利用局部性原理,查找、更新、插入數據都會因此而變慢。一般來說,hash id應付小數據量時壓力不大,但在數據量較大(熱數據大于可用內存容量)時,CRUD性能極差,且會放大碎片對性能的影響:數據非常分散,當有過期日志被刪除后,這些刪除后的空間成為碎片,可能會因為磁盤預讀策略被加載到內存中。另外,采用hash shard key還會浪費掉一個索引,浪費不少空間。

          21、副本數也不用太多

          如果你的副本數量超過了12個(MongoDB3.0.0超過了50個),那么就要選擇使用 master-slave ,但這樣會失去故障自恢復功能,主節點故障時,需要手動去切換到無故障節點。

          22、mongos的config server配置信息中不要使用localhost、127.0.0.1

          啟動mongos時,config server的配置信息不得使用localhost、127.0.0.1,否則添加其它機器的shard時,會出現錯誤提示:
          “can’t use localhost as a shard since all shards need to communicate. either use all shards and configdbs in localhost or all in actual IPs host: xxxxx isLocalHost”

          以新的config server啟動mongos,也需要重啟config server,否則會有錯誤提示:
          “could not verify config servers were active and reachable before write”

          如果改完后面又出現 “mongos specified a different config database string”  錯誤,那么還需要重啟mongod,

          修改了config server 幾乎是要全部實例重啟。另外,在配置replica set時也不得使用localhost、127.0.0.1。
          參考:http://stackoverflow.com/questions/21226255/where-is-the-mongos-config-database-string-being-stored

          23、shard key的選擇跟update性能緊密關聯

          分布式MongoDB,shard key的選擇跟update性能,甚至是update可用性有很大關系,需要注意。
          1、在對文檔個別字段update時,如果query部分沒有帶上shard key,性能會很差,因為mongos需要把這條update語句派發給所有的shard 實例。
          2、當update 的upsert參數為true時,query部分必須帶上 shard key,否則語句執行出錯,例子:
          mongos> db.test.update({“_id”:”.7269993106A92327A89ABCD70D46AD5″}, {“$set”:{“P”: “aaa”}, “$setOnInsert”:{“TEST”:”a”}}, true)
          WriteResult({
          “nMatched” : 0,
          “nUpserted” : 0,
          “nModified” : 0,
          “writeError” : {
          “code” : 61,
          “errmsg” : “upsert { q: { _id: ”.7269993106A92327A89ABCD70D46AD5” }, u: { $set: { P: “aaa” }, $setOnInsert: { TEST: ”a” } }, multi: false, upsert: true } does not contain shard key for pattern { _: 1.0, B: 1.0 }”
          }
          })
          這是因為如果沒有shard key,mongos既不能在所有shard實例上執行這條語句(可能會導致每個shard都插入數據),也無法選擇在某個shard上執行這條語句,于是出錯了。
          另外,需要特別注意,如果使用pymongo引擎,它不會告訴你出錯了,只是函數調用陷入不返回,在shell下執行才能看到錯誤信息。

          附:
          以下英文部分來自:https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-13010
          It’s actually not clear to me that this is something we can support – problem is this:
          > db.coll.update({ _id : 1 }, { }, true);
          > db.coll.find()
          { “_id” : ObjectId(“53176700a2bc4d46c176f14a”) }
          Upserts generate new _ids in response to this operation, and therefore we can’t actually target this correctly in a sharded environment. The shard on which we need to perform the query may not be the shard on which the new _id is placed.
          意思是說,upsert產生了新的_id,_id就是shard key,但是如果query里沒有shard key,它們不知道要到哪個shard上執行這個命令,upsert產生的shard key可能并不是執行這條命令的shard的。
          另外,如果_id不是shard key我們的例子也是不能成功的,因為沒有shard key,這條upsert要在哪個shard上執行呢?不能像普通update那樣給所有的shard去做,否則可能導致插入多條。
          參考:
          https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-13010
          http://docs.mongodb.org/manual/core/sharding-shard-key/
          http://stackoverflow.com/questions/17190246/which-of-the-following-statements-are-true-about-choosing-and-using-a-shard-key

          24、通過repairDatabase提高性能

          從db.stats()中可以看到幾個跟碎片相關的關鍵字段,dataSize,表示數據的大小,它包含了padding的空間;storageSize,表示這些數據存儲占用的空間,包含了dataSize和被刪除數據所占空間,可以認為storageSize/dataSize就是磁盤碎片比例,當刪除、update文檔比較多后,它會變大,考慮做repairDatabase,以減少碎片讓數據更緊湊,在實踐中,這對提高CURD性能極其有用。repairDatabase時需要注意:它是把數據拷貝到新的地方,然后再做處理,所以repair之前在DB目錄所在磁盤需要預留一倍的空閑磁盤空間,如果你發現磁盤空間不足,可以停止服務,然后增加一塊新磁盤,再執行實例級別的repair,并指定–repairpath為新磁盤路徑,eg:mongod –dbpath /path/to/corrupt/data –repair –repairpath /media/external-hd/data/db,實例的數據會拷貝到/media/external-hd/data/db上做處理。

          參考:《MongoDB——The Definitive Guide 2nd Edition》page325

          25、索引字段的長度不能大于1024字節

          索引字段的長度不能大于1024字節,否則shell下會有插入錯誤提示:”errmsg” : “insertDocument :: caused by :: 17280 Btree::insert: key too large to index”。
          標簽MongoDB,使用,小結,一些,不常見,經驗,分享

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